La proliferación de los hongos en el microscopio se da por muchas razones los principales son los siguientes: Almacenar nuestro equipó en un estante oscuro, falta de mantenimiento, tener el equipo en una zona de alta humedad, etc. Cuando pasa mucho tiempo, el hongo causa daños irreparables en la óptica por lo que generalmente se sugiere el cambio de piezas, en el peor de los casos cambio de equipo, ya que el servicio es muy costoso. Cuando aún esta a tiempo, para la eliminación de hongos en la óptica se usan insumos especiales.

*Para detectar hongos en la óptica se observan ramificaciones cuando miramos nuestra muestra a grandes aumentos.